Alle regioner skal i henhold til Sundhedslovens § 206 stk. 2 indhente rådgivning fra Sundhedsstyrelsen ved udarbejdelse af sundhedsplaner, herunder planer for både det somatiske og psykiatriske sygehusvæsen.
Sundhedsstyrelsen tager i sin faglige rådgivning til regionerne udgangspunkt i Sundhedsloven og de politiske målsætninger bag denne, Sundhedsstyrelsens rapport ’Styrket akutberedskab – planlægningsgrundlag for det regionale sundhedsvæsen’ fra 2007 og Sundhedsstyrelsens igangværende specialegennemgang. Desuden tager Sundhedsstyrelsen hensyn til den enkelte regions organisatoriske og politiske målsætninger samt særlige forhold, herunder muligheden for at implementere store forandringer over en kortere eller længere periode. Faktorer som geografi, eksisterende fysiske rammer, personaleforhold og økonomi har betydning for med hvilken hast, forandringer kan gennemføres i de enkelte regioner.
Den igangværende specialegennemgang i Sundhedsstyrelsen afsluttes først i 2008, og resultatet heraf vil få betydning for organiseringen af de regionale sundhedsvæsener. Sundhedsstyrelsen tager derfor i sin rådgivning forbehold med henvisning hertil, idet Sundhedsstyrelsen vil give tilbagemelding på konkrete forslag til specialeplanlægning, når resultatet af specialegennemgangen foreligger.